Orden de los aminoácidos que forman el péptido, escrito con abreviaturas de tres o una letra. Es la definición estructural del compuesto: dos productos con la misma secuencia son el mismo péptido aunque se llamen distinto.
Es la identidad del péptido escrita en letras. Es lo que la espectrometría de masas confirma cuando compara la masa observada contra la teórica de esa secuencia exacta. Si dos productos declaran la misma secuencia, son la misma molécula aunque el nombre comercial cambie.