Combina la separación de HPLC con un espectrómetro de masas que mide la relación masa/carga de cada fragmento. Sirve para confirmar identidad: que el compuesto tenga el peso molecular que debe tener. Pureza e identidad son preguntas distintas y requieren métodos distintos.
Responde una pregunta distinta a la del HPLC. El HPLC dice qué tan puro; la espectrometría de masas dice si de verdad es la molécula que dice ser. Un lote puede salir purísimo y ser el compuesto equivocado: sin identidad confirmada, la pureza sola no protege de nada.